Inginerul constructor Michael Scofield se lasă arestat pentru a putea plănui evadarea fratelui său, un deținut condamnat la moarte și victimă a unei aparente înscenări.
Michael încearcă să obțină două obiecte: un drog care îi poate ajuta să iasă pozitiv la testul pentru diabet și un bolț pe care îl poate folosi în planul de evadare.
Michael are probleme în a-i convinge pe Abruzzi și Sucre să facă parte din planul său. Lincoln se gândește dacă să cheme un membru al familiei să asiste la execuție.
Michael obține niște chimicale caustice pe care le poate folosi în evadare. Haywire, noul coleg de celulă al lui Michael, este fascinat de tatuajele acestuia.
Kellerman și Hale doresc să scape de Michael, dar acesta își întârzie transferul și testează prima parte a planului de evadare.
Planul lui Michael de a câștiga timp prin închiderea totală a blocului de detenție duce la o adevărată revoltă. Kellerman angajează un deținut care să-l ucidă pe Lincoln.
În timpul revoltei, Michael o salvează pe Sara, asasinul încearcă să îl ucidă pe Lincoln, iar Bellick nu ține cont de ordinele lui Pope și discută cu guvernatorul.
Michael caută o soluție pentru a ajunge din tunel în magazia care este și camera de odihnă a unui gardian. Kellerman și Hale încearcă să îi ucidă pe Veronica și pe LJ.
T-Bag își pierde sclavul și pune ochii pe unul nou. Decăderea lui Abruzzi din rangul pe care îl avea în închisoare pune în pericol planul de evadare.
Pentru a recăpăta controlul producției și a-și recâștiga șansele de evadare, Abruzzi îl determină pe Michael să îi spună lui Falzone unde să îl găsească pe Fibonacci.
Michael construiește un dispozitiv care să îi indice cât timp are grupul la dispoziție pentru a scăpa, iar Westmoreland se alătură echipei de evadare.
Lincoln îl avertizează pe Michael că vor fi nevoiți să renunțe la cineva din grup. Ulterior, Abruzzi îl amenință pe T-Bag că îl va ucide dacă nu va părăsi grupul.
Execuția lui Lincoln e tot mai aproape, dar Michael pune planul în mișcare. Kellerman îl înfruntă pe Hale, iar Veronica face un anunț în fața presei.
Michael încearcă să întârzie execuția lui Lincoln stricând circuitul scaunului electric. Veronica și Nick încearcă să obțină deshumarea trupului lui Steadman.
Execuția este amânată când judecătorul cere deshumarea trupului lui Steadman. Sucre cere cuiva un favor pentru a-l ajuta pe Michael să verifice noua cale spre infirmerie.
Scenele din trecut dezvăluie cum Michael, Lincoln, Sucre, C-Note și T-Bag au devenit deținuți și cum Sara a ajuns să lucreze în închisoare.
Michael este trimis la izolare, lăsându-l pe Sucre să acopere groapa din camera de odihnă, care trebuie să fie folosită pentru evadare.
Michael încearcă să îl facă pe Haywire să își amintească bucata lipsă din tatuaj. Ceilalți membri ai echipei vor să împiedice scoaterea la licitație a celulei acestuia.
Michael caută o idee prin care să obțină cheia infirmeriei de la Sara. Lincoln află despre implicarea tatălui său în evenimentele care i-au distrus viața.
Odată ce Bellick descoperă gaura săpată, deținuții trebuie să pună în aplicare planul evadării. Dar Lincoln este supravegheat non-stop și ar putea fi lăsat în urmă.
Michael îl obligă pe Pope să îl transfere pe Lincoln la infirmerie. Evadații ajung în siguranță în biroul deschis al Sarei.
Odată ce evadarea este descoperită, Bellick pornește o adevărată vânătoare. Vicepreședintele pune piciorul în prag și face o mutare șocantă.
Michael și grupul său îl păcălesc pe Bellick, forțându-l să lase la comandă un agent special FBI care sparge codul din planul lui Michael.
Mahone îl folosește pe LJ pentru a-i ademeni pe Lincoln și pe Michael. Cei doi frați încearcă să îl salveze pe LJ dintr-un tribunal, ajungând față în față cu agentul FBI.
Bunul cel mai de preț al lui Michael cade în mâinile lui Mahone. După concediere, Bellick își ia un partener pentru a-l ajuta să-i bage pe evadați înapoi în închisoare.
Bellick îi prinde pe Michael și pe echipa lui, dar scopul lui nu este recompensa poliției. T-Bag este pe punctul de a da nas în nas cu poliția din Nebraska.
Într-un final, frații ajung în Utah și constată că nu sunt singuri. Sara îl invită pe Kellerman la ea în apartament, fără să suspecteze nimic.
Milioanele sunt îngropate sub o casă locuită, iar Michael trebuie să încropească harta din mintea lui T-Bag. Mahone e tot mai aproape de a-și încolți prada.
Evadații găsesc comoara, dar Sucre are alte planuri. Lincoln riscă totul pentru a ajunge la LJ, iar Sara ajunge pe lista neagră a Companiei.
Banii au dispărut, iar poliția îi urmărește îndeaproape. Singura cale de scăpare pentru Michael și Sucre este să traverseze râul, dar apele ascund o capcană mortală.
Michael se duce la fosta soție a lui Mahone și reușește să-și dea seama care este secretul întunecat al acestuia. Kellerman este pe urmele Sarei.
Bellick folosește tortura pentru a-l face pe T-Bag să-și dezvăluie secretul. Michael și Sara se reîntâlnesc, dar sunt curând întrerupți de Mahone.
Pentru a se întâlni cu Michael, Lincoln trebuie să-l lase în urmă pe LJ. T-Bag scapă de poliție, dar consecințele sunt devastatoare. Kellerman o torturează pe Sara.
C-Note caută medicamente pentru fiica lui. Bellick devine subiectul unei investigații. Aldo aplanează conflictul cu Michael, dar plătește prețul suprem.
Michael și Lincoln sunt în drum spre Fox River, dar Mahone și Kellerman fac tot ce le stă în putință pentru ca frații să nu ajungă în viață la destinație.
Kellerman îi aduce pe Michael și pe Lincoln față în față cu Steadman, dar planurile lor se destramă. Bellick supără pe cine nu trebuie în penitenciarul Fox River.
Fugari alături de Kellerman, Michael și Lincoln își dezvăluie povestea pe un post național de televiziune. Michael îi transmite Sarei un mesaj codat.
În timpul unui jaf dintr-un restaurant, C-Note se vede nevoit să pună în balanță sănătatea fiicei sale și viața unei chelnerițe. Kellerman rezolvă enigma cheii Sarei.
Michael și Sara apelează la Pope pentru a obține dovezi care să îngroape Compania. Unul dintre evadați trebuie să aleagă între fiica sa și prietenii lui.
Michael, Lincoln și Sara află într-un final care este dovada care l-ar putea elibera pe Lincoln, dar au nevoie de încă un aliat din interior pentru a dezvălui adevărul.
Michael ajunge în sfârșit față în față cu președintele. Lui C-Note i se oferă o cale de scăpare, cu condiția de a-l turna pe Mahone.
Frații se pregătesc să se îmbarce pe vapor în căutarea libertății, dar Sara este nevoită să se sacrifice pentru a le asigura siguranța.
Michael este hotărât să ia cele 5 milioane de dolari și să pună capăt terorii instaurate de T-Bag. Sara ajunge în sala de judecată.
Surprinși de trădarea lui Mahone, Michael și Lincoln încearcă să se salveze. Procesul Sarei se schimbă complet atunci când își face apariția un martor-surpriză.
În penitenciarul Sona, Michael se pune rău cu regele închisorii. Căutarea Sarei de către Lincoln are repercusiuni grave.
Michael încearcă să îl apere pe James Whistler, coleg de suferință, care îi poate deschide calea către libertate lui Michael. Între timp, Lincoln o verifică pe Sofia.
După ce intră într-un impas, Michael află mai multe despre Whistler, care îi spune acestuia adevărul. Între timp, Lincoln încearcă să îi salveze pe Sara și LJ.
Mahone începe să aibă halucinații, iar T-Bag urcă în ierarhia închisorii. Michael pune în mișcare planul de evadare.
Michael încearcă să evadeze ca la carte. În penitenciar sosește un nou deținut care ar putea ști câte ceva despre trecutul lui Whistler.
Whistler e acuzat de crimă exact înainte de evadare. Mahone primește o ofertă mai bună, iar Lincoln și Sofia trebuie să-l adoarmă pe gardian.
Loialitatea nu e eternă, iar Michael și Whistler sunt nevoiți să lupte până la moarte. Puterea lui Lechero este compromisă.
Susan face o încercare disperată de a-l scoate pe Whistler din Sona cât mai curând, iar planul îi face pe toți ceilalți dispensabili.
Noul director de la Sona îl bagă pe Michael la carceră, însă îi oferă și o rază de speranță. Mahone și T-Bag se alătură grupului care vrea să evadeze prin tunel.
Michael, Mahone, Whistler și Lechero încearcă să scape prin tunel. Sofia descoperă un portofel ascuns în geanta lui Whistler.
Michael aduce ultimele retușuri planului de evadare, însă camarazii săi încep să dea înapoi. Whistler ia în calcul o trădare când Sofia este amenințată.
Michael, Whistler și McGrady evadează din închisoare, însă planul ia o turnură proastă, iar schimbul este compromis.
În finalul sezonului al treilea, LJ și Whistler sunt schimbați, însă surprizele se țin lanț. Uneltirile lui T-Bag dau în sfârșit roade.
Căutând să răzbune moartea Sarei, Michael primește vești incredibile. T-Bag este abandonat în Mexic în timpul fugii sale pentru a-și găsi libertatea.
Grupul trebuie să pătrundă în casa bine păzită a lui Stuart Tuxhorn, un om al Companiei. T-Bag trebuie să facă totul pentru a supraviețui.
Michael și echipa au o zi la dispoziție pentru a găsi următorul posesor de card. Mahone vrea să se răzbune pe Wyatt.
Pentru a găsi următorul card, Michael, Lincoln și Sucre trebuie să se strecoare la un eveniment caritabil al poliției. T-Bag trezește suspiciuni în prima zi de muncă.
Cu ajutorul lui Don, grupul trebuie să pătrundă în Trezorerie pentru a găsi următorul card Scylla. Gretchen reușește să scape.
Mahone este arestat, punând în pericol tot grupul și îndreptând atenția lui Wyatt spre el. Minciunile lui T-Bag ies la iveală.
Lincoln, Sucre, Sara și Roland urmăresc un deținător de card în Las Vegas, unde dispozitivul lui Roland este confiscat după ce este prins folosindu-l la jocuri de noroc.
Este pus la cale un plan pentru a obține ultimul card de la general, ajungându-se astfel la o alianță nedorită cu Gretchen. Însă există un trădător printre ei.
Grupul trebuie să treacă printr-o conductă principală de apă de mare capacitate pentru a ajunge la Scylla. Între timp, T-Bag este interogat.
Michael leșină și este dus la spital, iar Sucre calcă pe o mină. Secretul surprinzător al lui Trishanne iese la iveală.
Grupul își continuă planul de a fura Scylla, în ciuda stării lui Michael. Între timp, Gretchen are probleme când vrea să pună mâna pe al șaselea card.
Michael și ceilalți reușesc să obțină ultimul card Scylla chiar din sediul Companiei. Aceștia au parte însă de o surpriză teribilă.
Grupul încearcă să facă față trădării lui Don, iar Lincoln e capturat. Don le ține pe fiica și pe sora lui Gretchen ostatice, astfel obligând-o pe aceasta să îl ajute.
Don și Gretchen, dar și Michael și Compania caută dispozitivul Scylla. T-Bag ține ostatică familia lui Gretchen și e nevoit să ia o decizie dificilă.
În timpul operației, Michael are viziuni cu Westmoreland. Lincoln și Sucre încearcă să recupereze Scylla înainte ca Don și Gretchen să vândă dispozitivul.
Lincoln, Don, Gretchen și T-Bag merg la Miami pentru a recupera Scylla. Michael face o descoperire șocantă despre mama lui în timp ce e ținut captiv.
Compania îi pune pe Lincoln, Mahone, T-Bag și Don să concureze împotriva lui Michael și a Sarei pentru a recupera Scylla și toate drumurile duc la mama celor doi frați.
Michael și Lincoln se ceartă cu privire la Scylla, iar Christina își pune planul în aplicare. T-Bag face o scenă la ambasada indiană.
Michael are o revedere dificilă cu Christina, care îi dă o veste șocantă despre Lincoln, iar Lincoln încearcă să oprească planul mortal al Christinei.
La hotelul Panda Bay se instaurează haosul după ce are loc un asasinat la conferința despre energia globală.
Vechi prieteni revin în joc pentru a-l ajuta pe Michael să distrugă Compania, iar Lincoln face o descoperire despre relația sa cu Michael.
Generalul îi prinde pe cei doi frați și mărește miza răpindu-le și mai multe rude, dar Michael fuge cu tot cu dispozitivul Scylla.
Sara este arestată pentru crimă și trimisă la închisoare, iar Michael pune la cale un plan riscant pentru a o scoate înainte ca Generalul să se răzbune.
Cu autoritățile pe urmele lor și confruntându-se cu trădări și înșelătorii, Michael și echipa sa sunt nevoiți să improvizeze un plan de eliberare a Sarei.
După ce primește niște vești șocante de la T-Bag, recent eliberat din închisoare, Lincoln o vizitează pe Sara pentru a discuta soarta lui Michael.
Sara apelează la un vechi inamic pentru a obține informații. Lincoln și C-Note caută o persoană de legătură. Michael concepe un plan cu ajutorul colegului de celulă.
Planul de evadare al lui Michael ia o turnură neașteptată. T-Bag o vizitează pe Sara. Lincoln caută o cale de scăpare din Yemen.
Aflându-se în criză de timp, Michael se vede nevoit să facă o înțelegere periculoasă. La rândul lui, T-Bag face o descoperire șocantă.
Sara nu știe dacă să creadă explicația lui Jacob, C-Note pune în practică un nou plan, iar Michael îl informează pe Lincoln despre Poseidon.
Michael, Lincoln și restul grupului traversează deșertul, Cyclops urmându-i îndeaproape. A&W și Van Gogh ajung față în față cu Regele.
În culmea disperării, Lincoln o sună pe Sara pentru un sfat medical. Michael face o descoperire incriminatoare. A&W și Van Gogh au de răspuns unor întrebări dificile.
Un mesaj suspect de la Sara ridică semnale de alarmă. Michael le cere ajutorul lui Sheba și lui C-Note, iar Lincoln rezervă un zbor.
Viețile lor sunt în pericol, așa că Michael decide să intre într-un joc mortal cu Poseidon. Sara primește informații de la o sursă neașteptată.