McQuarrie a fost născut și crescut în Princeton Junction, New Jersey, unde a facut liceul West Windsor-Plainsboro cu regizorul Bryan Singer si actorul Ethan Hawke. În loc de colegiu el s-a angajat ca profesor asistent la un internat-școală în Perth, Australia de Vest pentru ca mai tarziu sa plece in jumătatea vestică a continentului. Revenind in Statele Unite, un an mai târziu, el a plecat să lucreze pentru o agenție de detectivi din New Jersey pentru următorii patru ani. În 1992, el a vrut sa se angajeze la departamentul de politie din New York dar atunci cand fostul coleg de școală, Singer ia oferit posibilitatea de a scrie la scenariul primului lor film "Public Access", acesta a acceptat, castigand marele premiu din 1993 de la Sundance Film Festival.
Singer și McQuarrie au colaborat din nou in 1995 la filmul "The Usual Suspects", pentru care McQuarrie a primit premiul pentru Cel Mai Bun Scenariu de la revista Premiere. Filmul a fost mai apoi inclus in Top 1000 al celor mai bune filme facut vreodata, iar personajul Verbal Kint a fost inclus in Top 100 al celor mai mari eroi si raufacatori.
McQuarrie a scris si produs filmul Valkyrie scenariul fiind scris impreuna cu Nathan Alexander. Cei doi au avut acces la membri ai familiei Stauffenberg dar si la cartea scrisa de Fabian von Schlabrendorff, un conspirator care a supravietuit. Pe cand faceau cercetari pentru scenariul pentru Valkyrie, acestia au vorbit si cu fostul bodyguard al lui Hitler. Intr-un interviu McQuarrie a spus ca scenariul a reusit sa descrie un aspect cheie al intamplarilor petrecute: desi planul principal esuase, unul dintre obiectivele conspiratorilor a fost si acela de a ramane in instorie cu ideea ca nu toata Germania si armata erau simpatizanti ai lui Hitler.