Mary Elle Fanning s-a nascut pe 9 aprilie 1998 in Conyers, Georgia, SUA, si este sora mai mica a actritei Dakota Fanning. Este fiica lui Joy (nascuta Arrington) si Steve Fanning. Ambii parinti si-au inceput carierele in lumea sportului. Bunicul lui Elle este jucatorul de fotbal american Rick Arrington, iar matusa ei este Jill Arrington, reporter ESPN.
Mary Elle este de descendenta germana si irlandeza. Ea si familia ei fac parte din SBC (Southern Baptist Convention), o denominatiune crestina conservativa. A fost educata acasa de bunica ei, iar recent a devenit eleva la o scoala publica. A declarat ca ii place sa joace fotbal, iar intr-un interviu a spus ca ea si sora ei sunt ca doua surori obisnuite carora le place sa se joace impreuna.
Elle si-a inceput cariera...