Freddie Prinze Jr. s-a nascut pe data de 8 martie 1976, in Los Angeles, California, fiind fiul lui Kathy Elaine Cochran, agent imobiliar de profesie si al lui Freddie Prinze, actor si comic, care s-a sinucis in anul 1977, dupa ce Kathy l-a parasit si a obtinut un ordin judecatoresc ce-l impiedica sa o mai vada pe ea si pe copilul lor.
Freddie a crescut in Alberquerque si New Mexico, si-a petrecut verile in Puerto Rico unde a invatat despre culturile spaniole si puertoricane de la bunicul sau din partea tatalui de origine puertoricana. Vorbeste fluent spaniola si italiana.
Prinze Jr. a manifestat un real interes pentru actorie inca din copilarie si a facut cursuri la liceul "Cueva" din Alberquerque. Dupa absolvire in 1994, Prinze Jr. s-a mutat in Los Angeles pentru a da probe pentru roluri in televiziune.
Actorul a fost invitat in 1995, intr-un episod din serialul "Family Matters". Debutul intr-un film de lung metraj a avut loc in 1996, cu ocazia filmului "To Gilian on Her 37'th Birthday". In anii ce au urmat, Freddie a inregistrat un real succes in filme destinate publicului tanar. "I Know What You Did Last Summer" (1997) si continuarea acestuia "I Still Know What You Did Last Summer" (1998) l-au transformat intr-un adevarat idol al adolescentelor. Primul sau rol principal a avut loc in cadrul comediei romantice "She's All That" (1999), un film ce a inregistrat incasari de 63 de milioane de dolari in Statele Unite. Au mai urmat roluri principale in filmele "Wing Commander" (1999), "Down To You" (2000), "Boys and Girls" (2000), "Head Over Heels" (2001) si "Summer Catch" (2001), majoritatea nefiind foarte apreciate de critici. In anul 2000, a fost numit de revista People, "unul dintre cei 50 cei mai frumosi oameni din lume".
In anul 2002, a jucat rolul lui Fred Jones in ecranizarea desenului animat, "Scooby Doo" si a continuat in 2004 cu "Scooby-Doo 2: Monsters Unleashed". In ambele filme a jucat alaturi de sotia sa, Sarah Michelle Gellar.
Prinze mai este un mare fan al World Wrestling Entertainment (WWE) si a aparut in martie 2008 in cadrul WrestleMania XXIV. Si-a creat si un profil pe site-ul oficial al WWE in care isi scrie gandurile in mod frecvent legat de ceea ce se intampla in acest sport. Relatiile cu cei de la WWE, s-au legat si mai mult atunci cand a fost angajat sa faca parte din echipa de creatie pentru brand-ul SmackDown.
La mijlocul anilor '90, Prinze Jr. a iesit cu Kimberly McCullough timp de mai bine de trei ani. S-a casatorit cu actrita Sarah Michelle Gellar, pe data de 1 septembrie 2002 in Puerto Vallarta, Jalisco, localizat la sud-vestul Mexicului. Cuplul se cunoscuse cu cativa ani in urma, pe platoruile de filmare al filmului "I Know What You Did Last Summer", dar au inceput sa iasa oficial in anul 2000 si s-au logodit in aprilie 2001. In 2007, cu ocazia aniversarii a cinci ani de casatorie, Sarah si-a schimbat numele de familie din Gellar in Prinze.
Prinze are pregatire in cateva forme de arte martiale si este un impatimit al dansului step si al colectionarii de benzi desenate. Este un mare fan al fotbalului, echipa lui preferata fiind Arsenal F.C. Ii mai plac filmele est-asiatice.