Mary Stuart Masterson, actriță și regizoare, s-a născut la 28 iunie 1966 în New York, Statele Unite ale Americii. Este fiica lui Peter Masteron-scriitor și regizor și a lui Carlin Glynn, actriță. Are un frate, Peter Masterson Jr. și o soră, Alexandra Masterson, ambii lucrând în domeniul artistic.
În adolescență a urmat cursurile Centrului de Pregătire în domeniul Tgeatrului din New York, cu actori precum Robert Downey Jr. și Jon Cryer. Ulterior a frecventat scoli din New York, urmând și un curs de antropologie la Universitatea din New York.
Prima sa apariție în film s-a produs de timpuriu, la vârsta de opt ani, în The Stepford Wives (1975). În 1985 a apărut în filmul Heaven Help Us, în rolul unei adolescente rebele. A jucat alături de Sean Penn și Christopher Walken în filmul At Close Range (1986). În 1987 Francis Ford Coppola a distribuit-o în filmul "Gardens of Stone", în care a jucat alături de părinții ei. În 1989 a jucat în "Immediate Family" alături de Glenn Close și James Woods, rol pentru care a primit o nominalizare pentru "Cea mai Bună Actriță în Rol Secundar", din partea Comisiei Naționale de Evaluare a Filmelor.
În anii 1990 a apărut într-o serie de producții cinematografice și de televiziune. Cele mai importante sunt "Benny&Joon", unde a apărut alături de Johnny Depp și Aidan Quinn (1993) și "Bad Girls", în 1994, alături de Madeleine Stowe, Andie MacDowell și Drew Barrymore.
În 2000 Masterson a devenit mai interesată de activitatea în televiziune. A început să-și producă propriile seriale de televiziune-de exemplu, "Kate Brasher". Acesta însă a primit critici mediocre și după șase episoade la CBS a fost anulat. În 2004 Masterson a apărut în drama biografică "Something the Lord Made", apoi a apărut, ca invitat special în "Lege și ordine", în rolul Dr. Rebecca Hendrix.
În 2003 a fost nominalizată la Premiul Tony pentru apariția din muzicalul "Nine".
Debutul său regizoral s-a produs în 2007, cu filmul "The Cake Eaters", care a avut premiera la Festivalul Internațional de Film de la Fort Lauderdale, și la Festivalul Filmului Independent din Ashland, unde a primit premiul pentru "Cel mai Bun Film".
Mary Stuart Masterson a fost căsătorită de trei ori. În 1990 s-a măritat cu George Carl Francisco, de care a divorțat în 1992. În 2000 s-a căsătorit cu regizorul american Damon Santostefano, divorțând în 2004. În 2006 s-a căsătorit cu actorul Jeremy Davidson. Amândoi au jucat în piesa "Pisica pe acoperișul fierbinte" în 2004. Au împreună un fiu, născut pe 11 octombrie 2008. În martie 2011 s-a anunțat în presă că actrița urmează să nască gemeni.
