Simon Baker s-a născut în Launceston, Tasmania, Australia. Este fiul lui Elizabeth Labberton, o profesoară de liceu, și Barry Baker, mecanic. Baker, cunoscut atunci ca Simon Denny, a crescut în satul Lennox Head și a învățat la Liceul Ballina, absolvind în 1987.
S-a mutat în Sydney, pentru a studia să devină asistent, dar nu și-a teminat studiile, învins fiind de microbul actoriei, atunci când a însoțit un prieten la o audiție. A emigrat în S.U.A. în 1995. Baker o fost campion sportiv, participând la competiții la nivel de stat de surf și polo pe apă.
A început să joace în anii 80, la o televiziune australiană, folosind numele de Simon Baker Denny. A apărut în videoclipuri muzicale, ale artistei Mellissa Tkautz ("Read My Lips"), înainte de a apărea în seriale de succes ca "E Street", "Home and Away" și "Heartbreak High". A fost distribuit într-un rol mic, dar important, ca tânăr actor aspirant, în L.A. Confidential, rol ce i-a oferit noi oportunități pentru noi roluri în filme.
În 1998 a jucat într-un mic film independent, al regizorului Sthepen Grynberg, intitulat "Love from Ground Zero". În 2000, interpretează un astronaut în "Red Planet", alături de Val Kilmer, Carrie Anne Moss și Benjamin Bratt.
A obținut rolul principal în serialul TV, "The Guardians", timp de trei sezoane, începând cu 2001. A jucat rolul unui soț stresat în "Book Of Love". În 2005, apare ca un erou altruist în "Land of the Dead". În 2006, l-a interpretat pe Brian Kelly în filmul Something New; pe scriitorul Christian Thompson în "The Devil Wears Prada" și a avut un rol principal în serialul "Smith".
În următorul an l-am putut vedea în rolul lui Roderick Blank în "Sex and Death 101". În 2008, primește rolul principal în serialul The Mentalist, unde-l interpretează pe Patrick Jane, un consultant al Biroului de Investigații California, priceput în arta de a detecta cele mai mici detalii și indicii.
Baker este căsătorit cu o actriță australiancă, Rebbeca Riqq, cu care are trei copii: Stella Breeze, născută în 1993, Claude Blue, născut în 1998 și Harry Fryday, născut în 2001. Conform unui recent interviu în emisiunea Late Show with David Letterman, Baker a menționat că actorii conaționali, Nicole Kidman și Naomi Watts sunt nași a doi dintre copii săi.
Până de curând, Simon și familia sa locuiau în Malibu, California, dar temporar s-au mutat în Sydney, Australia. S-au întors de atunci în Los Angeles.
Are o stea pentru activitatea din televiziune, în partea de sud, aria 6300, pe Bulevardul din Hollywood.