Werner Herzog (numele său adevărat este Werner H. Stipec) s-a născut la Munchen pe 5 septembrie 1942. A crescut într-un sătuc îndepărtat din Bavaria unde, în copilărie, nu a văzut niciun film, nu a avut televizor și nici telefon.
A început să călătorească pe la 14 ani și a dat prima dată un telefon la 17 ani. În timpul liceului, a lucrat de noapte, ca sudor, într-o oțelărie, ca să poată face filme și a reușit să facă primul lui film la 19 ani, în 1961.
De atunci, a produs, scris și regizat peste 50 de filme și a apărut ca actor în câteva dintre ele. Herzog a publicat zece volume de proză și a regizat mai multe spectacole de operă.
Părinții săi au fost Dietrich Herzog și Elisabeth Stipetic, ambii biologi. Rude: o soră, Sigrid Stipetic, doi frați, Tilbert Stipetic, Lucki Stipetic, producător. Când avea treisprezece ani, Werner și familia lui locuiau într-un apartament din München pe care îl împărțeau cu alte câteva persoane. Unul dintre ele a fost actorul Klaus Kinski. Herzog a studiat la Universitatea din München și mai târziu a câștigat o bursă la Universitatea Duquesne din Pittsburgh, dar a abandonat studiile după doar câteva zile. Are o școală de film de gherilă numită „Rogue Film School”. Primele sale pelicule le-a filmat cu o cameră pe care a furat-o de la Școala de Film din München. Director, scriitor, producător, actor, poet, Werner Herzog a studiat istorie, literatură și teatru, dar nu le-a terminat și a fondat propria sa companie de producție de film în 1963. În 1961, a lucrat nopțile într-o fabrică de oțel pentru a strânge bani pentru filmele sale. În 1966, a fost angajat de Administrația Națională a Aeronautică și Spațială a SUA (NASA). În 1968, Signs of Life (1968) a câștigat premiul pentru film german și un Urs de argint pentru cel mai bun film de debut la Berlinale. În anul următor, Herzog a organizat o alternativă gratuită la Berlinale în Wedding, un cartier muncitoresc din Berlin, prezentând filme de festival gratuit pentru cei care nu ar întâlni în mod obișnuit filme independente și inedite, cum ar fi ale lui. Era programat să zboare în același avion cu o colegă, Juliane Koepcke, în 1971, dar a fost dat jos în ultimul moment. În Ajunul Crăciunului, avionul s-a prăbușit în jungla amazoniană, iar Juliane, în vârstă de 17 ani, a fost singura supraviețuitoare, după ce a petrecut 11 zile singură. Povestea ei a fost spusă în filmul din 1974, Miracles Still Happen. El consideră Nosferatu (1922) a fi cel mai mare film german realizat vreodată. A regizat remake-ul Nosferatu the Vampire (1979). Mai târziu, Herzog a montat mai multe opere la Bayreuth, Germania, și la Scala din Milano, Italia. El a câștigat numeroase premii naționale și internaționale pentru lungmetrajele sale poetice și documentare. A lucrat frecvent cu actorul Klaus Kinski. A filmat 5 dintre filmele sale în Peru: Aguirre, The Wrath of God (1972), Fitzcarraldo (1982), My Best Fiend (1999), Julianes Sturz in den Dschungel (1999) și părți din My Son, My Son, What Have Ye Done (2009). Scria scenariile în 4-5 zile. În ciuda unor producții cinematografice dificile, el este mândru de faptul că filmele sale nu au depășit niciodată bugetul. La începutul fiecărei zile de filmare, el calcula banii pe care fiecare parte a producției îi cheltuia și oprea pe oricine folosea prea mult. A fost votat al 35-lea cel mai mare regizor al tuturor timpurilor de către Entertainment Weekly. A spus în comentariul DVD pentru Incident at Loch Ness (2004) că prima lui carte a fost o copie Marshal-Plan a „Winnie the Pooh” și rămâne una dintre preferatele sale. La sfârșitul anului 2005, în timpul unui interviu cu criticul de film de la BBC, Mark Kermode, referitor la Grizzly Man (2005), un lunetist a deschis focul asupra lor cu o pușcă cu aer comprimat. Kermode a intrat în panică când Herzog a spus calm: „Cineva trage în noi”. Unul dintre gloanțe l-a lovit apoi pe Herzog. El, neclintit, a spus că glonțul „nu a fost unul semnificativ” și a insistat să continue interviul. A fost invitat să se alăture AMPAS, în 2006. Herzog a primit un premiu pentru întreaga carieră, Pardo d'onore, de la Festivalul Internațional de Film de la Locarno în august 2013, la doar patru luni după ce a fost onorat pentru realizările sale cinematografice de către Academia Germană de Film, în aprilie 2013. Documentarul său intitulat From One Second to the Next (2013), care explorează consecințele mesajelor de text în timpul conducerii, a fost sponsorizat de mai multe companii importante de telefonie mobilă. În New York City, opt dintre primele filme ale lui Herzog au fost proiectate ca omagiu adus muncii sale, la Film Society of Lincoln Center, în perioada 16-22 august 2013. A fost invitat să primească un doctorat onorific de la Cambridge. A refuzat, totuși, crezând că nu era genul de om care să atingă acest nivel de respectabilitate. El a recunoscut că nu a mai vizionat niciodată un film din Star Wars și că a luat rolul Clientului din The Mandalorian (2019) în principal din motive financiare. Cu toate acestea, în timpul producției, el a devenit fascinat de construcția spectacolului și de efectele practice, pe care le-a descris drept „cinema la maxim”. În plan personal, el a fost căsătorit cu Martje Grohmann, din 1967 până în 1985; au divorțat; au un copil, Rudolph Herzog, născut în 1973. A avut o relație cu Eva Mattes. Au o fiică, Hanna Mattes, născută în 1980. Apoi, a fost căsătorit cu Christine Ebenberger, din 1987 până în 1997; au divorțat; au un fiu, Simon Herzog, născut în 1989. Cu Lena Herzog este căsătorit din 1999 și în prezent. Trăiește în Los Angeles.