Un misterios grup de ninja face un atac surpriză asupra satului ninja ascuns între frunze din țara focului, Konoha. Coșmarul unui alt război mondial Shinobi ar putea deveni realitate. Sasuke,care este încă un missing-ninja, apare pentru a doua oară în fața lui Naruto, la o locație necunoscută.
Konoha brusc este atacată din zbor de shinobi din țara Cerului. Aceasta se dovedește a fi o răzbunare pentru al doilea Război Ninja din trecut, în care Konoha distrusese țara Cerului. În același timp, un medic și ucenica sa, Shinou și Amaru, au apărut în Konoha pentru a solicita ajutor pentru satul lor de la marginea țării Focului. Ei fuseseră, de asemenea, atacați de către țara Cerului. Naruto, Sakura și Hinata formeaza o echipă de trei oameni pentru a-i însoți pe Shinou și pe Amaru. Între timp, Shikamaru si alți ninja atacă flota țării Cerului. Dar Amaru, cea care îl idolatrizează pe sensei-ul ei, va afla că el are un secret întunecat de abia după ce acesta moare ...
