Japonia se află în pragul unui nou dezastru odată cu reapariția monstrului Godzilla, care iese din ocean chiar în apropierea locului unde se află profesorul Yuji Shinoda, fondatorul GPN (Godzilla Prediction Network), care se ocupă cu predicțiile și cercetările asupra monstrului împreună cu inteligenta sa fiică, Io.
La Cartierul General pentru Situații de Criză se dă alarma, militarii japonezi fiind convinși că noua lor rachetă pusă la punct de specialiști îi va veni de hac uriașei creaturi, însă obuzele și rachetele trase atât din aer cât și de la sol nu au nici un efect asupra lui Godzilla.
Cam în același timp un submarin de cercetare japonez descoperă în apropierea zonei de coastă scufundat la mare adâncime un obiect ciudat, cu o vechime atestată la 60-70 de milioane de ani, care se dovedește în cele din urmă a fi un OZN pietrificat de trecerea timpului. Secretului regenerativ al celulelor lui Godzilla descoperit de doctorul Shinoda pare a fi exact ceea ce caută și OZN-ul, care subit devine activ și extrem de periculos. Ajutorul oamenilor vine de la cine se așteptau mai puțin.
