În perioada Tokugawa a Japoniei feudale (secolul XVII), într-o societate în care ierarhia socială era una rigidă și exclusivistă, singura cale posibilă pentru avansarea pe scara socială era să devii ninja. Ninja erau niște luptători foarte iscusiți folosiți în misiuni secrete, ce ucideau fără crutare orice ființă la comanda unui șef, prin niște tehnici de luptă neortodoxe și specifice. Lumea dură a luptătorilor ninja, care își aveau propria lege, i-a făcut pe mulți să dezerteze și să fugă, devenind ninja fugari. Pe urmele lor erau trimiși luptători de elită pentru a-i elimina. Kamui este un astfel de ninja fugar, un luptător invincibil care a decis să urmeze chemarea sufletului și să-și tradeze clanul și nedreptățile ce le comitea acesta. Aflat pe fugă, el abandonează pădurile întunecoase și răcoroase pentru oceanul scaldat în lumină și căldură. Printr-o serie de întâmplări, acesta nimerește pe o insulă, unde cunoaște niște oameni simpli, de care se atașează. Însă trecutul îl vânează fără încetare, și îi va decide viitorul.