O echipa de oameni de stiinta care lucrau deja la Stargate (proiectul secret al guvernului american in colaborare cu alte guverne ale lumii) descopera o noua adresa a unei lumi pe care o considerau pierduta: Atlantis. Ei vor calatori astfel intr-o noua galaxie, Pegasus, atat de indepartata incat, la inceput, nu se poate ajunge decat prin intermediul Portii. Ajunsi aici, pamantenii trezesc la viata un dusman necrutator, wraith, un hibrid umanoid care se hraneste cu energia vitala a oamenilor. In acelasi timp insa ei trebuie sa castige ajutorul altor civilizatii uneori mult mai avansate si sa invete sa ii deosebeasca pe prietenii adevarati de dusmani.
Serialul urmareste aventurile acestei echipe conduse de dr. Elizabeth Weir (care a aparut scurt timp si in serialul Stargate SG-1) si formata la inceput din mr. John Sheppard (JOE FLANNIGAN), dr. Rodney McKay (DAVID HEWLETT), dr. Carson Beckett (Paul McGillion). Lor li se vor alatura Teyla Emmagan (Rachel Luttrell) si Ronon Dex (JASON MOMOA).